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Pesquisadores desenvolvem novo software para desvendar a ancestralidade do câncer

genética

Crédito: Pixabay/CC0 Domínio Público

Saber de onde vieram seus ancestrais pode ser a chave para melhores tratamentos de câncer? Talvez, mas onde caberia aquela chave? Como podemos rastrear as raízes ancestrais do câncer até as soluções modernas? Para o professor de pesquisa do Cold Spring Harbor Laboratory (CSHL), Alexander Krasnitz, as respostas podem estar em vastos bancos de dados e arquivos hospitalares contendo centenas de milhares de amostras de tumores.

Krasnitz e o colega de pós-doutorado da CSHL, Pascal Belleau, estão trabalhando para revelar as conexões genealógicas entre Câncer e raça ou etnia. Eles desenvolveram novo software que infere com precisão continental ancestralidade a partir do DNA e do RNA do tumor. Seu último estudo foi publicado em Pesquisa sobre câncere seu trabalho pode ajudar os médicos a desenvolver novas estratégias para a detecção precoce do câncer e tratamentos personalizados.

“Por que pessoas de diferentes raças e etnias adoecem em taxas diferentes com diferentes tipos de câncer? Elas têm diferentes hábitos, condições de vida, exposições – todos os tipos de problemas sociais e Fatores Ambientais. Mas pode haver um componente genético também”, diz Krasnitz.

A equipe de Krasnitz treinou suas ferramentas de software usando perfis híbridos de DNA. Eles criaram esses perfis a partir de genomas livres de câncer cancerígenos e não relacionados de um histórico conhecido. Eles então testaram o desempenho do software contra espécimes de câncer de pâncreas, ovário, mama e sangue de pacientes com ascendência conhecida. A equipe descobriu que o software combinou seus perfis híbridos com as populações continentais com mais de 95% de precisão.

“Temos um bom modelo para construir”, diz Krasnitz. “Mas muito poucos indivíduos vêm de um único ancestral. Estamos todos misturados até certo ponto. Então agora estamos trabalhando para olhar mais fundo, testar amostras de tumor de ancestralidade desconhecida, revelar misturas ancestrais e alcançar mais especificidade regional.” Quão específico? Por enquanto, pense na África Ocidental em oposição à África Oriental.

Krasnitz e Belleau recentemente se juntaram a um estudo de câncer colorretal em colaboração com Northwell Health e SUNY Downstate Medical Center. O estudo permite que eles explorem como câncer colorretal muta genes de maneiras diferentes, dependendo de raças ou etnias específicas. Eles esperam refinar ainda mais seu software para inferir ancestralidade não apenas de genomas inteiros, mas de todas as sequências individuais nele contidas.

“Se pudermos identificar ancestrais mais localizados que são suscetíveis a diferentes tipos de câncer ou outras doenças agressivas, isso pode nos ajudar a identificar a parte específica do genoma responsável e direcioná-la para o tratamento”, diz Belleau.

Neste momento, um simples cotonete de DNA pode dizer de onde você veio e quais doenças você pode herdar. No futuro, pode lhe dar os meios para vencê-los também.

Mais Informações:
Pascal Belleau et al, Inferência de ancestralidade genética a partir de dados moleculares derivados de câncer em plataformas genômicas e transcritômicas, Pesquisa sobre câncer (2022). DOI: 10.1158/0008-5472.CAN-22-0682

Citação: Pesquisadores desenvolvem novo software para desbloquear a ancestralidade do câncer (2022, 27 de dezembro) recuperado em 27 de dezembro de 2022 em https://medicalxpress.com/news/2022-12-software-cancer-ancestry.html

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