Métodos genômicos auxiliam no estudo do surto de Shigella em Seattle 2017-2022

Um estudo genômico de um surto sustentado de shigelose multirresistente em Seattle permitiu aos cientistas refazer sua origem e propagação. Análises adicionais do patógeno intestinal e seus padrões de transmissão ajudaram a direcionar abordagens para testes, tratamento e respostas de saúde pública.

A reconstrução genômica do surto de 2017-2022 e uma revisão do atendimento ao paciente e intervenções de saúde pública usados ​​são relatados em 30 de janeiro em Doenças Infecciosas do Lancet.

“O objetivo do estudo”, observaram os pesquisadores de Seattle, “era compreender melhor a transmissão comunitária da Shigella e propagação da resistência antimicrobiana em nossa população, e para tratar essas infecções multirresistentes de forma mais eficaz.”

Shigella os surtos são mais frequentes em países sem recursos suficientes de saúde pública e saneamento. Mas os pesquisadores chamaram Shigella um patógeno oportunista que também podem surgir em regiões de países de alta renda quando as condições permitirem.

Eles explicaram que sustentavam Shigella surtos em áreas urbanas representam um desafio substancial de saúde pública para as populações que tentam lidar com duras condições de vida e falta de instalações de higiene.

Os principais autores do artigo são o Dr. Giannoula S. Tansarli, do Departamento de Medicina Laboratorial e Patologia, e o Dr. Dustin R. Long, da Divisão de Medicina Intensiva do Departamento de Anestesiologia, ambos da Escola de Medicina da Universidade de Washington. Medicina.

O autor sênior e correspondente é o Dr. Ferric C. Fang, professor de medicina laboratorial e patologia e de microbiologia na UW Escola de medicina. Ele supervisiona o laboratório de microbiologia clínica no Harborview Medical Center e conduz pesquisas científicas básicas sobre como as bactérias causam doenças. Ele foi auxiliado por seu colega da UW Medicine, Dr. Stephen J. Salipante, patologista de genética molecular e especialista em tecnologias de sequenciamento de DNA de última geração.

A shigelose é causada por Shigella bactérias, que podem produzir inflamação no revestimento do intestino. Seus sintomas incluem febre, cólicas estomacais e diarréia e, nos piores casos, disenteria e desidratação. Algumas pessoas com Shigelose ficam gravemente doentes e precisam de hospitalização. A shigelose é altamente contagiosa. A transmissão de apenas algumas bactérias é suficiente para causar doenças.

De 2017 a 2022, todos os 178 casos de Shigella identificados pelos laboratórios clínicos do Harborview Medical Center e do UW Medical Center foram caracterizados pela identificação da espécie, teste de suscetibilidade e sequenciamento completo do genoma. Para o estudo, os pesquisadores examinaram retrospectivamente os dados demográficos e os resultados clínicos dos pacientes infectados.

Dos 178 casos, 78, ou 45,6%, foram em homens que fazem sexo com homens, e 88, ou 51,5%, em pessoas em situação de rua. Cerca de metade do Shigella isolados eram resistentes a vários antibióticos.

Os pesquisadores também tinham dados de 143 pacientes que receberam terapia antimicrobiana. Apesar da alta presença de drogas resistentes Shigelladescobriu-se que quase 70 por cento dos pacientes receberam terapia antimicrobiana adequada para seus Shigella infecção. Os pesquisadores acrescentaram que o diagnóstico rápido e a cultura da bactéria para pacientes que procuram atendimento para diarreia grave, juntamente com a avaliação dos fatores de risco e a compreensão local detalhada das populações afetadas, levaram a altas taxas de tratamento adequado. A abordagem de atendimento melhorou com o tempo, à medida que os médicos ganharam mais experiência com a doença.

A parte de análise genômica do estudo revelou surtos sequenciais de várias linhagens distintas de duas espécies de Shigella, S. flexneri e S. sonnei. Verificou-se que as várias populações em risco carregam Shigella de diferentes linhagens com diferentes características de resistência a drogas. Essas informações ajudaram os médicos a desenvolver diretrizes de tratamento eficazes.

Como isso Shigella surto apareceu em Seattle? As descobertas genômicas dos pesquisadores sugerem que ele veio originalmente de viajantes internacionais de áreas onde Shigella era comum. Em seguida, espalhou-se localmente e rapidamente entre os grupos de risco.

Os pesquisadores explicaram que multirresistentes Shigella tornou-se uma preocupação de saúde global crescente com muitos surtos em todo o mundo. A maioria deles afetou homens que fazem sexo com homens. Uma variedade de patógenos intestinais pode ser transmitida entre homens dessa maneira.

No entanto, nos últimos anos, surtos de shigelose também ocorreram entre pessoas sem-teto em cidades da costa oeste dos Estados Unidos e Canadá.

O sequenciamento de todo o genoma permitiu que os pesquisadores determinassem que o novo S. sonnei e S. flexneri cepas apareceram pela primeira vez em Seattle entre homens que fazem sexo com homens. Isso foi rapidamente seguido pela transmissão dentro da população local de pessoas em situação de rua. Isso foi evidenciado pelo aumento significativo de Shigelose após 2020 na área do Condado de Seattle-King entre essa população.

Os surtos eram mais intensos no inverno, característica sazonal da Shigella o que pode ser devido a uma maior superlotação em abrigos e outros locais durante o tempo frio. O Dr. Fang notou que os casos de Shigelose causados ​​por um S. sonnei estirpe agora estão sendo encontradas em Seattle neste inverno.

Os surtos de Seattle seguiram padrões característicos daqueles relatados anteriormente em outros países.

Várias medidas de saúde pública foram instituídas para limitar a propagação de Shigella. A primeira foi verificar possíveis fontes de contratação Shigella. Placas foram colocadas para desencorajar as pessoas de beber água de fontes decorativas no centro de Seattle. Os prestadores de serviços locais para moradores de rua receberam recursos e orientações de prevenção. Equipes de extensão visitaram acampamentos e abrigos noturnos para oferecer educação em saúde e melhorar a disponibilidade de água potável, banheiros, lavatórios e outras medidas sanitárias.

Muitas instalações públicas, como banheiros, pias e bebedouros, foram fechadas como parte da resposta à pandemia do COVID-19. As autoridades de saúde pública solicitaram a reabertura antecipada dessas instalações perto de acampamentos e distritos onde as pessoas viviam nas ruas. Eles também aumentaram a limpeza ambiental de becos no centro de Seattle que eram usados ​​no lugar de banheiros.

Os autores observaram que o estudo da Shigella O surto em Seattle representou os esforços colaborativos de unidades de saúde locais, laboratórios clínicos e acadêmicos, administração antimicrobiana, controle de infecções e equipes de saúde pública.