Rastreando o SARS-CoV-2 em Moçambique

Um novo estudo co-liderado pelo ISGlobal, o Manhiça Health Research Centre (CISM) e o Instituto de Biomedicina de Valencia (IBV), utilizou tecnologia de ponta de sequenciamento e análise filogenética para estudar a segunda e terceira ondas de COVID-19 em Moçambique . Os resultados, publicados na The Lancet Global Healthmostram que a variante beta do SARS-CoV-2 chegou principalmente da África do Sul, enquanto a delta chegou principalmente do Reino Unido e da Índia, além da África do Sul.

Desde o início da pandemia, os esforços globais para sequenciar o SARS-CoV-2 geraram uma quantidade de dados sem precedentes (mais de 15 milhões sequências carregado para o GISAID servidor até o momento).

Esta informação tem sido fundamental para entender a evolução do vírus e as possíveis implicações para vacinas e outras intervenções de saúde pública. No entanto, a origem das sequências carregadas foi desigual: a amostragem foi insuficiente em muitas regiões do mundo, dificultando a vigilância genômica nos níveis local e global.

“A maioria dos países africanos, com exceção da África do Sul, relatou um número muito baixo de sequências. Em Moçambique, por exemplo, tínhamos muito pouca informação sobre quais variantes virais circularam durante as diferentes ondas de COVID-19, ou onde chegou de e quando”, diz Alfredo Mayor, pesquisador do ISGlobal e do CISM.

Neste estudo, uma equipe liderada pelo prefeito Inácio Mandomando (CISM), Iñaki Comas (IBV) e Mariana López (IBV), sequenciaram o genoma viral de amostras de pacientes sintomáticos do sul de Moçambique coletadas durante a segunda e terceira ondas de COVID-19. O objetivo do estudo foi quantificar quantas vezes as diferentes variantes do vírus foram introduzidas no país, identificar de onde vieram e avaliar o quanto contribuíram para alimentar a pandemia local.

A equipe de pesquisa usou uma nova ferramenta computacional (UShER) para comparar as sequências geradas com mais de sete milhões de sequências publicadas.

Viagem regional para beta, internacional para delta

Os resultados confirmam que a grande maioria das cerca de 1.000 sequências de Moçambique analisadas neste estudo correspondiam ao delta variante (que dominou na terceira onda, entre junho e setembro de 2021), seguida da beta (que dominou na segunda ondaentre janeiro e março de 2021), embora outras variantes não relatadas anteriormente em Moçambique (como AY.37 e C..1.2) ou mesmo na África (como AY.29) também tenham sido identificadas.

A análise mostrou que a variante beta foi introduzida 190 vezes de forma independente ao longo de um período de sete meses, principalmente da África do Sul, o país vizinho onde se acredita que a variante tenha se originado. o alfa variante, que era dominante na Europa na época, não foi detectado. Em contraste, o delta foi introduzido mais rapidamente (a maioria das 220 introduções independentes ocorreu ao longo de quatro meses) e de mais longe: Reino Unido e Índia, além da África do Sul.

O Delta ultrapassou rapidamente o Beta, devido à sua maior transmissibilidade e maior transmissão comunitária. Os resultados também mostram que a maioria das introduções, seja de beta ou delta, não gerou descendentes. Apenas uma fração das introduções contribuiu para a disseminação local do vírus.

“Podemos concluir que a COVID-19 foi transmitida em Moçambique através de migrações regionais (para beta) e internacionais (para delta)”, explica Inácio Mandomando, coordenador da área de bactérias, vírus e outras doenças tropicais negligenciadas do CISM.

“Chegamos a essas conclusões porque nosso estudo compara as sequências virais de Moçambique com todos os dados disponíveis em todo o mundo; essa abordagem nos permite minimizar o viés na inferência da origem das variantes”, disse Iñaki Comas, investigador principal da Tuberculosis Genomics Unit (IBV).

Estes resultados levantam questões sobre a relação custo-benefício de tais medidas num contexto de fronteiras porosas, como é o caso de Moçambique. “As restrições de circulação e o fechamento de fronteiras provavelmente impediram ou retardaram bastante a introdução de variantes de países não africanos, mas foram insuficientes para impedir a entrada do vírus de países vizinhos”, conclui Mariana López, pesquisadora da Unidade de Genômica da Tuberculose do IBV .