Nova plataforma de computador ajuda a combinar pacientes com câncer para testes de terapia direcionada

Visão geral do MatchMiner do fluxo de dados e modos de uso. a) As entradas de dados de pacientes e testes são utilizadas pelo MatchEngine para combinar pacientes com testes. b) São mostrados os 3 modos de correspondência de pacientes com ensaios: centrado no paciente, centrado no ensaio e pesquisa de ensaio. As linhas laranja indicam correspondências de pacientes-teste. Crédito: npj Oncologia de Precisão (2022). DOI: 10.1038/s41698-022-00312-5

À medida que mais pacientes com câncer têm seus tumores perfilados genômicos e mais terapias direcionadas a alterações genômicas entram em ensaios clínicos, a tarefa de conectar pacientes a ensaios para os quais são elegíveis pode ser especialmente desafiadora. Uma plataforma de computador desenvolvida no Dana-Farber Cancer Institute torna o processo de correspondência mais fácil e rápido, relatam seus designers em um novo estudo.

Chamada de MatchMiner, a plataforma ajuda médicos e pesquisadores clínicos a encontrar possíveis correspondências entre pacientes e ensaios de terapia direcionada com base em alterações genéticas nos tumores dos pacientes. Durante um período de cinco anos na Dana-Farber, ajudou a gerar aproximadamente um em cada cinco consentimentos para participar de testes de medicina de precisão entre pacientes com dados genômicos no MatchMiner. Também acelerou o processo de inscrição de pacientes nesses ensaios em mais de 20%, descobriram os autores do estudo, publicado em npj Oncologia de Precisão.

“Perfil de tumores de pacientes para alterações genômicas tornou-se uma parte difundida do tratamento do câncer, especialmente à medida que novos medicamentos direcionados a essas alterações entram em testes clínicos ou são aprovados como terapias contra o câncer”, diz Tali Mazor, Ph.D., o co-autor principal do artigo com o colega de Dana-Farber Harry Klein, Ph.D. “A combinação deste corpo crescente de dados genômicos e número crescente dos testes de medicina de precisão criou uma espécie de desconexão: encontrar o teste certo para cada paciente pode ser uma tarefa difícil. MatchMiner ajuda a preencher essa lacuna.”

A plataforma, desenvolvida pelo Grupo de Sistemas de Conhecimento da Dana-Farber, liderada por Ethan Cerami, Ph.D., e Michael Hassett, MD, MPH, baseia-se nos extensos programas da Dana-Farber em análise genômica e pesquisa clínica. Na última década, mais de 40.000 pacientes do Instituto tiveram seus tecidos tumorais analisados ​​quanto a alterações em mais de 400 genes relacionados ao câncer. O Instituto e seus parceiros lideram ou participam de milhares de ensaios clínicos, incluindo cerca de 450 envolvendo terapias direcionadas desde 2017. O MatchMiner, lançado em 2016, vincula esses sistemas para ajudar a combinar pacientes com ensaios apropriados.

“O MatchMiner pode ser usado por um oncologista ou outro clínico para procurar opções de teste para um paciente individual”, observa Klein. “Ou pode ser usado por uma equipe de teste para identificar potenciais participantes do estudo, configurando um filtro genômico que seleciona candidatos para critérios genômicos específicos.”

Ao contrário da maioria das outras plataformas de correspondência, que são projetadas para uso em um único centro de câncer, o MatchMiner é Código aberto e pode ser adaptado por outras instituições. À medida que novos testes são abertos na Dana-Farber, um curador os analisa para ver se eles devem ser incluídos no MatchMiner, garantindo que a plataforma esteja atualizada. Em março de 2021, 354 testes de medicina de precisão foram integrados ao MatchMiner.

No novo artigo, os pesquisadores analisaram os dados de inscrição para testes de medicina de precisão na Dana-Farber para determinar se o MatchMiner acelerou o processo de encontrar um estudo apropriado para pacientes cujos tumores foram perfilados genômicamente. Os pesquisadores encontraram 166 casos em que a plataforma identificou uma possível correspondência entre um paciente e um estudo, e a equipe do estudo ou o oncologista do paciente viram a correspondência, levando ao consentimento do paciente para participar do estudo.

Para avaliar ainda mais o impacto da plataforma, os pesquisadores compararam o “tempo para consentir” – o tempo entre o perfil genético de um tumor e o consentimento do paciente para participar do estudo – para os 166 consentimentos obtidos via MatchMiner e para 353 consentimentos obtidos sem a plataforma. “Descobrimos que o tempo de consentimento para o grupo MatchMiner foi 55 dias mais rápido do que para o grupo não MatchMiner, uma melhoria de 22%”, diz Klein.

O MatchMiner liga pacientes a testes não apenas pelas características moleculares do tumor do paciente, mas também pela idade do paciente e pelo tipo de tumor. Outros critérios de teste, como tumor estágio, tratamento anterior e saúde geral do paciente não são considerados para uma correspondência paciente-ensaio. Como resultado, as correspondências propostas pelo MatchMiner são preliminares e precisam ser acompanhadas para garantir que os pacientes atendam a todos os critérios do estudo, dizem os pesquisadores.

“MatchMiner fornece um ponto de partida para encontrar ensaios apropriados para pacientes cujos tumores definiram alterações genéticas”, diz Mazor. Os designers da plataforma trabalharão para expandir seus recursos para fazer uma combinação mais abrangente, acrescenta ela. Por meio de uma colaboração com Kenneth Kehl, MD, MPH, a MatchMiner está testando previsões baseadas em IA para identificar melhor os pacientes que em breve podem precisar de uma nova opção terapêutica, como um ensaio clínico.